V roce 1985 začal pracovat v Dukle Praha jako trenér párových disciplín a dlouhá léta vedl nejúspěšnějšího českého veslaře 90. let Václava Chalupu. Od roku 1997 je Pecka ředitelem Sportcentra Račice.

Rodák z Litoměřic dorostl do reprezentačního dresu v Dukle Praha pod vedením trenéra Václava Kozáka. V letech 1974 až 1978 jezdil Pecka párovou čtyřku a byl stabilním členem posádky, která na MS vybojovala bronz (1974) a dvě stříbra (1975 a 1977) a skončila třetí na OH v Montrealu.

Od roku 1979 jezdil Pecka s Václavem Vochoskou na dvojskifu. Hned v první sezóně uspěli na MS na slovinském jezeru Bled, kde získali stříbro. Po bronzu z OH v Moskvě obsadili na MS 1981 a 1982 s Vochoskou čtvrté a třetí místo. Po rozhodnutí Československého olympijského výboru nezúčastnit se OH v Los Angeles v roce 1984 ukončil Pecka závodnickou kariéru.

Manželkou Zdeňka Pecky je trojnásobná olympijská medailista v běhu na lyžích Květa Pecková-Jeriová. Mají spolu dvě dcery, z nichž podědila sportovní talent zejména Květa, dvojnásobná mistryně ČR v běhu na 5000 metrů.

Zdeněk Pecka slaví šedesátiny.